rRNA去除的必要性

　　在RNA測序（RNA-Seq）中，通常需要先去除rRNA。這是因?yàn)榭俁NA中80%以上都是rRNA，而rRNA提供的轉(zhuǎn)錄本信息非常少，且測序時會產(chǎn)生大量無用的rRNA序列數(shù)據(jù)，浪費(fèi)寶貴的測序資源。因此去除rRNA可以提高測序效率和數(shù)據(jù)質(zhì)量。

　　二、rRNA去除探針的原理

　　1、特異性DNA探針雜交與RNase H消化

　　- 使用特異性的DNA探針與rRNA雜交，形成DNA-RNA雜交鏈。RNase H能夠特異性地消化DNA-RNA雜交鏈中的RNA單鏈，而未與探針雜交的mRNA、lncRNA等不受影響，從而富集目標(biāo)RNA。

　　2、探針雜交捕獲與磁珠吸附

　　- 通過DNA探針或RNA探針雜交捕獲rRNA，然后利用鏈霉親和素磁珠吸附去除rRNA。這種方法稱為Ribo-Zero-seq。

　　1、物種特異性

　　- rRNA去除探針需要根據(jù)研究物種的rRNA序列設(shè)計(jì)特異性的雜交探針。

　　2、不同RNA類型

　　- 除了去除細(xì)胞質(zhì)中的rRNA，一些試劑盒還可以去除線粒體中的rRNA。

　　3、樣本類型

　　- rRNA去除探針適用于多種樣本類型，包括新鮮樣本、降解樣本、FFPE（甲醛固定石蠟包埋）樣本等。

　　四、rRNA去除探針的優(yōu)勢

　　1、高效去除

　　- rRNA去除探針可以高效去除rRNA，提高目標(biāo)RNA的富集效率。

　　2、特異性高

　　- 探針設(shè)計(jì)具有高度特異性，能夠準(zhǔn)確識別并去除rRNA，而不影響其他目標(biāo)RNA。

　　3、適用范圍廣

　　- 適用于多種物種和樣本類型，能夠滿足不同研究需求。

　　通過使用rRNA去除探針，可以顯著提高RNA測序的效率和數(shù)據(jù)質(zhì)量，為轉(zhuǎn)錄組研究提供更準(zhǔn)確的信息。